枯草芽孢杆菌在水产上主要有三方面的用途
1、净化水质。枯草芽孢杆菌可以降低水体中的硝酸盐、亚硝酸盐的含量，分解养殖池中有毒有害物质，净化水质；分解池中残饵、粪便、有机物等，具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用；
2、抑制、杀灭致病菌。在水体或者饲料中添加枯草芽孢杆菌制剂，可以有效抑制或杀灭水体中、养殖生物体内的某些有害致病菌，并且能增强有益菌的菌群，而达到防治水产疾病的目的。芽孢杆菌还可以防止饲料发霉，防止饲料发霉产生黄曲霉毒素；
3、提高饲料转化率。枯草芽孢杆菌可产生多种酶类，饲料中添加枯草芽孢杆菌可以提高鱼虾类消化酶活性，对鱼虾肠道内营养物质消化吸收、饲料利用率有直接促进作用，饲料转化率提高可达8%以上，促进鱼虾生长。
枯草芽孢杆菌虽好，使用上也要讲究些小技巧，才能充分发挥出功效。
1、作净化水质用时，使用前用“碳源”活化一下。大部分枯草芽孢杆菌，都是粉剂，菌体处于休眠状态，而要将其“唤醒”，需用营养物质刺激，一般采用常见的“有机碳源”，如红糖、糖蜜。活化时，将碳源与菌粉化水浸泡4小时左右，浸泡过程需不断充气增氧；
2、枯草芽孢杆菌耗氧厉害，使用时要注意增氧，否则可能会出现水产动物因缺氧死掉。开增氧机或泼洒增氧剂（如过氧化钙、过碳酸钠、过硼酸钠等）都可以。高密度养殖情况下，按200-400克/亩·米用量，于晴天上午使用。淡水养殖如果没有增氧设备，使用量需减少，可在100克/亩左右；
3、肥水时，碰到多次施肥水依然肥不起来时，可先改底解毒(生物底改，底清爽，解毒免疫净水王）等改底及解毒类产品，然后使用枯草芽孢杆菌配合生物藻立生，可有效将池塘中的营养物质释放出来，从而达到肥水效果；
4、养殖前期，出现青苔或者泥皮的时候，可以配合腐植酸钠（生物底改）一起来处理青苔或者泥皮的问题；
5、养殖中后期水体透明度比较低，悬浮的大颗粒有机物较多，水质不清爽，可加量使用芽孢杆菌清水，增加透明度，使水质变得清爽；
6、内服作饲料添加剂时，每吨饲料添加量800-1000克，不宜超过0.1%，将枯草芽孢杆菌与饲料均匀搅拌，喂养鱼虾，可以改善鱼虾肠胃功能，提高饲料利用率，改善肉质，促进生长，防病效果也很好。
